Es ist eigentlich schon üblich, dass man die "richtige" Datei von einer Agentur bekommt; alles andere hätte schriftlich ausdrücklich festgehalten werden müssen. Hast du denn etwas Schriftliches von der Agentur? Das ist meiner Meinung nach eine miese Tour, denn die Daten sind sehr wohl vorhanden, also mehrere Ebenen. Ich würde darauf bestehen, dass dir die richtige Datei gegeben wird. Zur Not würde ich mit einem Anwalt drohen. Aber nun zu deiner Frage:

Wenn du etwas ergänzen willst, dann wirst du wohl mit den grafischen Mitteln deines Programms arbeiten müssen, also z.B. gewisse Elemente aus dem Bild per Stempel o.Ä. löschen, dann eine neue Ebene anlegen und Ergänzungen machen.

Also das kann problematisch werden, da du ja nicht die Rechte am Bild hast, folglich ist es nicht dein geistiges Eigentum und somit nicht erlaubt. Das ist sehr vielen Usern, die auf YouTube Videos hochladen nicht bewusst oder auch egal. Die Inhalte werden mit der Zeit alle geprüft - mit Betonung auf: mit der Zeit. D.h. irgendwann werden diese dann vom Server genommen. Ich würde es sein lassen, egal wie viele Views man durch solche Inhalte auch bekommen mag.