Du nimmst wahrscheinlich die Word-eigene Funktion fürs PDF-speichern. Die kann leider nicht viel. Transparenz bekommt es scheinbar ebensoweinig hin wie Links im Dokument. Da musst du wohl ein extra Programm für die PDF-Erstellung nehmen. Von Adobe etwa - kostet aber. Oder PDF-Creator.
Alternativ mal in OpenOffice.org das Dokument öffnen und wenn es optisch ok ist, dann das PDF damit erzeugen. Das kann auf jeden Fall mehr.