Wenn du nach Zeitaufwand abrechnest und das automatisieren möchtest, würde ich dir eine Software wie http://www.deskmeister.com/de empfehlen. Dort kannst du deine Zeiten erfassen und dann automatisch eine entsprechende Rechnung für deine Kunden generieren.

Für den Nachweis gegenüber deinem Kunden würde ich einfach, wie von sphxx vorgeschlagen, detaillierte Kommentare zu den Zeiteinträgen hinterlegen. Zusammen mit der Lieferung deiner Arbeitsergebnisse kann dein Kunde dann auch einschätzen, ob die abgerechneten Stunden plausibel sind. Das aufzeichnen des Bildschirms mit Screenshots halt ich ehrlich gesagt für ein wenig übertrieben ;)