eigentlich sollte es reichen, wenn du auf Einstellungen gehst (also unter Extras) und dort beim Reiter Inhalt angibst, dass Pop-Up-Fenster blockiert werden sollen.
Ich kann mir das sonst nicht anders erklären, da ich auch die aktuelle Firefox Version habe und dies von Haus aus so eingestellt sein sollte.
Nach einer Neuinstallation wird ja, wenn eine Seite ein Pop-Up öffnen will, gefagt, wie vorzugehen ist. Vielleicht hast du da ja mal ausversehen die Pop-Up-Anzeige aktiviert . . .
Bei einigen Websites laufen diese Pop-Ups aber auch unabhängig von den Einstellungen, und diese Flash-Pop-Ups kann man möglicherweise mit Tools unterdrücken. Ich glaube, ich habe hier bei C.F. schon so eine Frage gesehen, kann dir aber nicht den Link geben. sorry.