Am besten nimmst du diese Einstellungen direkt in der CivilizationIV.ini vor. Diese befindet sich in dem Ordner Users/DeinUser/Dokumente/My Games/Civilization 4
Ca. in Zeile 90 findest du dort die Einstellung
FullScreen =
Dort kannst du auswählen 0 (startet immer im Fenstermodus), 1 (startet immer Fullscreen) oder ask (beim Spielstart kommt eine Abfrage ob du Fullscreen oder Fenstermodus willst).
.
Auch für die Sache mit dem Maus-Scrollen gibt es dafür eine Einstellung, normal ganz oben, die nennt sich
MouseScrolling =
Auch hier kannst du 0 einstellen (also nein) und 1 (ja)
Allerdings scrollt er dann nur wenn du die Maus zu einem recht schmalen Streifen innerhalb des Spielfensters bewegst. Bist du ausserhalb, scrollt nichts.
Das Scrollen mit der Maus im Fenstermodus ist recht umständlich, da macht's dann per Keyboard mehr Sinn.